间接证据不能直接证明案件的主要事实，必须与其他证据相结合才能发挥应有的作用;且运用间接证据定案的过程比较复杂，因此必须遵循《刑事诉讼法》第四十六条规定没有被告人供述只要证据确实充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚的原则。运用间接证据定案具体有以下几点原则：

1、间接证据必须查证属实。

根据《刑事诉讼法》第43条规定，侦查人员必须依照法定程序收集各种证据。自侦案件的所有间接证据亦不例外，也必须依照法律规定的程序和方法收集，达到本身确实的程度。如果采取刑讯逼供、威胁、利诱、欺骗以及其他非法方法收集导致间接证据本身不确实，据此得出的关于案件事实的结论就不可能符合案件的客观真实。因此，对每一个自侦案件所涉及的诸如证人证言、物证书证、鉴定结论和现场勘查笔录等间接证据，都应该查证属实，并分清真伪。

2、间接证据必须与案件事实存在客观联系。

间接证据与案件事实之间的联系形式是多种多样的，有些间接证据的事实反映了案件主要事实发生的原因或者是它的结果，有些间接证据的事实则是案件事实的条件;其他如证明某个证据的真伪或者排除其他可能性的证据等，也都与案件事实存在客观联系。究竟哪些事实与案件事实存在联系，侦查人员应根据每个案件的具体情况进行具体分析，加以确定。由于单个间接证据往往不能清晰地表明它与案件事实有无联系，必须将它与其他间接证据相结合才能判断出这种联系。因此，侦查人员必须客观地、细致地对全案间接证据进行综合分析，并在此基础上查明间接证据与案件事实的客观联系，切忌人为的主观猜测和牵强附会。

3、间接证据必须形成一个完整的证明体系，构成锁链。

客观地说，一个间接证据只能证明案件事实的某个片段，只有将所有能够证明每个片段的间接证据收集起来，从中找出它们之间的相互联系，形成一个完整的证明体系，构成一条锁链，使每个间接证据都成为其中的一个环节，环环相扣，使每个环节都不脱落，才能据以查明全部案件事实。如果间接证据只是一堆相互不能结合的事实，或者只是与案件事实有联系但不能证明案件的每个环节，即使间接证据再多仍然不能定案。

4、间接证据之间以及它们与案件事实之间必须协调一致，没有矛盾。

在办案过程中，侦查人员必须做到间接证据相互之间没有矛盾，间接证据与案件事实之间也没有矛盾。如果发现矛盾，必须继续收集证据，深入调查研究，合理排除矛盾。否则，就不能勉强定案。5、间接证据所形成的证明体系足以排除其他可能性，得出的结论必须是唯一的。间接证据的证明体系不仅要表明这一结论是有根据的，而且要表明其他任何结论都是不可能的。只有这样，它才能具有不可动摇的证明力，从而雄辩地证明案件事实。